产蛋鸡舍的清粪方式对整个鸡舍内环境及空气质量有直接影响，也是劳动量较大、容易对环境造成污染(包括噪声、粪污、有害气体等)的一个环节。调研区域内蛋鸡场粪便的清除方式有机械刮粪机清粪与人工清粪2种，其中又以投资小、劳动强度大的人工清粪方式为主。
一、人工清粪
人工清粪方式费时费力，也容易把走道弄脏，使污道与净端产生交叉；清粪员工的临时调换还会对鸡群造成惊群。但在调研区域内无论以往还是新近建造的鸡舍，简易的人工清粪方式一直是最主要的鸡粪清除方法，占所调研鸡舍的93%。虽然同是人工清粪，但依据鸡笼类型、建筑形式的不同，又可对人工清粪的方式进行细化。
1、盘笼式清粪方式
盘笼式鸡笼即层叠式鸡笼，是调研区域较为原始的蛋鸡饲养方式，鸡笼垂直排布，每层鸡笼之间以石板作为接粪装置。由于每笼单独配置一个接粪板，堆粪空间狭小，人工操作时比较困难。虽然这种养殖方式的鸡粪较为干燥，不会因饮水器漏水而形成粪水溢流，但是立体的堆粪方式所产生的氨气、硫化氢等有害气体对鸡舍内环境产生较大污染，且鸡笼空间被挤占，鸡只拥挤，光线通风较差，鸡处于应激状态，鸡体健康水平受到影响。
2、掏炉灰式清粪方式
掏炉灰的清粪方式，是将鸡舍中间走道抬高0.1m，两侧鸡笼下形成天然鸡粪暂存池，两面纵墙下各开设一排地窗，清粪时，工人无需进入鸡舍，只需站在相应的地窗前，用铁锨将鸡舍内暂存池中的鸡粪掏出即可。这种清粪方式虽保证了鸡舍内走道不受污染，减少人员进入鸡舍对鸡群的惊扰，但由于地窗外侧地势低，每栋鸡舍之间易形成天然粪场，且两栋舍粪污混合，从而严重破坏了鸡舍外部环境，整个养鸡场臭气弥漫，污染严重。若遇大雨，舍间积水形成倒灌，舍内污浊程度更甚。
3、半阶梯笼架清粪方式
半架阶梯式在蛋鸡养殖中是较为普遍的方式，两列半架靠墙，中间留1m宽走道，一般将鸡笼的支架垫高0.2~0.4m以便清粪，工人用铁锨清除笼架下的鸡粪，并用推车将粪便从净端推到污端，但清粪过程中易污染整个走道。鸡粪在舍内地面堆积，地面各处通风良好，只要饮水设备不漏水一般可以保持鸡粪相对干燥，调研区域目前新建造的人工清粪的鸡舍都以该种行式为主。
二、机械清粪
调研区域只有7%的大型、设备先进的蛋鸡养殖场采用机械自动清粪机清粪的方式，节省劳力、对鸡群影响小、鸡舍内积粪少是机械全自动刮粪板清粪的显著优点。在调研区域内有的村庄养鸡场已形成集约化的规模饲养模式，机械清粪能有效分离鸡舍的净端和污端及鸡场养殖区的净道和污道。
调研区域鸡场的机械清粪包括刮板式不锈钢刮粪机和传送带式2种，刮板式清粪设备是从国外引进的较早机械设施，但牵引钢索容易断裂，是这种清粪方式的弊端。传送带式清粪方式是现代蛋鸡养殖产业中比较先进的大型设施，在调研区域内仅有一家养殖户引进了该套设备。清粪效果较好，但是庞大的设备对电能依赖性强，对于没有发电设备，或经常停电的地方都无法采用该设备，且设备前期投入与后期维护都需要较多资金。
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