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从保护环境和资源再利用的角 度考虑 ，对畜禽粪便的处理主要包括两层含义：一是 要通过简单有效的方法对畜禽粪便进行处理，使之能成为饲料或有机肥料加以有效利用；二是 干湿分离机在此处理过程中，要达到除臭杀菌使之无害化的目的。随着技术的进步，对畜禽粪便的处理，正在从长期沿袭的仅仅作为农家粪肥就近施用的方式扩展到加工转化为燃料、商品化肥料、饲料产品等。当前畜禽粪便处理主要方法有以下几种：
按处理机理划分，目前对畜禽粪便的处理主要包括物理法、化学法、生物法以及低等动物处理法和生态工程处理法。
1物理处理法(1)日光自然干燥。利用阳光照晒畜禽粪便进行干燥处理，经此处理后的畜禽粪便可作为饲料或肥料。该法投资小，成本低，但处理规模小，耗时长，影响肥效；且处理过程中有氨气等臭气产生，污染环境。(2)高温快速干燥。高温干燥即通过干燥机进行人工干燥，是 目前我国处理畜禽粪便广泛采用的方法之一，采用煤、油或电产生的能量进行人工干燥，我国用的干燥机多为滚筒式。原来鸡粪中含水量为70%}75%，经过滤筒干燥，在短时间内受到高温作用，鸡粪中水分可降低到8%以下。该方法的优点是 不受天气影响，能大批量生产，快速干燥，可同时达到去臭、灭菌等效果；但存在一次性投资大，能耗大，烘干机排出的臭气又产生二次污染以及处理温度过高带来肥效较差，易烧苗等缺点。(3)烘干膨化处理。烘干膨化干燥是 利用热效应和喷放机械效应两方面作用，使畜禽粪便膨化、疏松，既除臭又能彻底杀菌、灭虫卵，达到卫生防疫和商品肥料、饲料的要求。(4)热喷处理。热喷处理是 将己干至含水率16%~30%的畜禽粪，装入压力窗口内，经受短时间的低、中压蒸汽处理，然后突然减压至常压喷放，所得的热喷物料己不含虫菌，且细碎、膨松、无臭味，有机物消化率也提高了13.4%一20.9%，既可直接饲喂，也可进一步干燥、配混、制粒。因此，这是 目前比较成熟的适宜于大批量转化为再生饲料的畜禽粪便处理技术。
2化学处理法畜禽粪便的化学处理主要是 利用化学物质与畜禽粪便中有机物进行化学反应，将畜禽粪便中有机成分氧化成CO2和H2O或者部分氧化化合物，无机物的氧化则不太稳定。新鲜畜禽粪或垫料用化学药剂处理，方法简易，能可靠地灭菌，保存养分。许多研究者提出了各种有效的配方，其中以含甲醛、丙酸、酷酸的配方较为便宜和安全。(1)加热氧化。如果提供足够的时间、温度、气体扰动紊流和氧气，那么氧化臭气物质中的有机或无机成分是 很容易的，要彻底破坏臭气，操作温度需达到650~850℃，气体滞留时间0.3~0.5s。此法能耗大，应用受到限制。(2)化学氧化。如向臭气中直接加入氧化气体，但成本高，无法大规模应用。(3)生物氧化。在特定的密封塔内利用生物氧化难闻气流中的臭气物质。为了保证微生物的生长，密封塔的基质中需有足够的水分；也可将排出的气体通入需氧动态污泥系统、熟化堆肥和土壤。臭气的减少可以通过一系列方法，但是 生物氧化却是 非 常重要的，生物氧化对于除去堆肥中所产生的臭气起着重要的作用，是 好氧发酵除臭能否成功的关键。
3生物发酵处理法生物发酵处理法是 近年来国内外研究较多的一种方法。该法具有成本低、发酵产物生物活性强、肥效高、易于推广等特点，同时可达到除臭、灭菌的目的，因而被认为是 较有前途的一种畜禽粪便处理方法。发酵可分为沼气池、好气氧化池与堆肥等3种方法。
(1)沼气池发酵法。利用自然微生物或接种微生物，在缺氧条件下，将有机物转化为二氧化碳与甲烷等气体。其优点是 处理的较终产物恶臭味减少，产生的甲烷可以作为能源利用；缺点是 NH3挥发损失多，处理池体积大，而且只能就地处理与利用。美国发展了一种厌氧消化器可以有效地控制恶臭气体产生，其体积仅为厌气处理池的1%，但需要一定的投资，且操作要十分小心。我国各地均有采用沼气池处理畜禽粪便的作法，但受到一次性投资过大、沼气池长期效果受温度影响较大，冬季产气量小，夏季产气量大，集约化畜禽场远离居民等的制约，使沼气的利用遇到困难。
(2)好气氧化池处理法。在有氧条件下，利用自然微生物或接种微生物将有机物转化为二氧化碳与水。它的优点在于池的体积仅为厌气池的1/1，处理过程与较终产物可以减少恶臭气；缺点是 需要通气与增氧设备，此外，处理过程中仍有大量的NH3挥发损失，处理产物仍有较浓的臭味，养分损失较为严重，影响到处理产物的肥效。粪便干湿分离机为了完善畜禽粪便好气处理技术，减少处理中NH3的损失与臭气，各国科学家对除臭剂选择、除臭技术以及减少NH3损失的方法进行了大量研究，形成众多的除臭剂，美国己有专门的除臭产品出售。
(3)堆肥法处理。堆肥法处理禽粪便是 目前研究较多、应用广泛而较有前景的方法之一，是 畜禽粪便无害化、安全化处理的有效手段。传统的堆肥常需要2~6个月，历时长、处理效率低，且还会产生难闻的恶臭，污染环境，由于氮的挥发而降低肥效。在堆肥中掺入高效发酵微生物如EM(有效微生物菌群)或化学调理剂，调节粪便中的碳氮比，控制在适当的水分、温度、氧气、酸碱度下进行发酵，可减少氨基酸的挥发，缩短堆肥时间，控制恶臭产生。采用堆肥方法处理畜禽粪便的优点在于处理的较终产物臭气较少，且较干燥，容易包装、撒施；缺点是 处理过程中有NH3的损失，不能完全控制臭气，堆肥需要的场地大，处理时间长。
4低等动物处理法采用低等动物吞食畜禽粪便，在分 解大量废弃物的同时，也提供了动物蛋白饲料及大量有机肥的处理方法。例如给低等动物(北京家蝇，大平2号蚯蚓)分别喂食畜禽粪便等废弃物，通过封闭式培养方式，培养蝇蛆，立体套养蚯蚓、蜗牛达到处理畜禽粪便的目的。
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