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鸡粪对环境的污染包含从粪便产出、清理、运输和存放的全过程。任何一个环节由于处理不当，造成鸡粪对环境的污染，都会消减其他环节所做的努力。近年来，国家有关部门在规模化畜禽场标准化建设方面都强调了养殖场污染物无害化处理项目的相关技术要求和技术标准，把环境污染治理作为建设或改造的重要内容。
1、清粪方式清粪方式包括自动刮粪、人工清粪和半高床3种方式。在所调研的28个规模化蛋鸡场中，采用自动刮粪的有25个、人工清粪的有2个、使用半高床定期集中清粪的仅有1个，所占的比例分别为89.28%、7.14%和3.58%。在10万只以上存栏规模的大型蛋鸡场中都是 采用刮粪机的清粪方式，而费时费力且对环境污染较大的人工清粪方式仅在中小型规模的蛋鸡场中使用。清粪方式不仅关系到劳动效率，更重要的是 也会影响到粪便运输车辆、道路、鸡舍内环境的污染情况。2、室外粪池设计
对于自动刮粪设计的鸡舍，作为室外粪池在设计的时候分为即清即运式和暂时存放式两种，前者是 当刮粪板将鸡粪从鸡舍内刮出到室外粪池后在短时间内就运往贮粪场，后者则是 鸡粪被刮出后可能存放1~3d的时间再被清运到贮粪场。
3、污道与净道分离情况
按照设计要求，蛋鸡场在规划设计的时候净道和污道要严格分离，不能出现交叉，以免对净道造成污染。但是 ，在实际生产中有的蛋鸡场为了有效利用场地或前期工程与后期工程之间没有做好规划，会出现净道与污道交叉甚至部分共用的情况。
4、贮粪场与生产区距离
贮粪场是 鸡场内粪便堆积、存放和加工的场所，也是 受污染最严重的场所。同时，贮粪场也会对附近的环境造成污染，因此在许多规定中都要求贮粪场与鸡舍之间的最近距离应不少于30m。
5、贮粪场设计
按照标准化设计要求，贮粪场的地面要经过硬化处理以防止粪水的渗漏、上面要设置顶棚以防止雨水冲刷积存的粪便。在调研的鸡场中有的按照这种标准要求对贮粪场进行处理，有的既没有硬化地面也没有设置顶棚，有的仅对地面进行硬化处理而没有设置顶棚。
6、粪便加工
粪便加工包括进行短期堆积后运走做农家肥使用、堆积发酵处理后做农家肥、烘干后制作专用有机肥等。
7、机械化自动清粪方式在规模化蛋鸡场普遍得到应用
使用自动刮粪板进行清粪是 当前蛋鸡场内最常用的清粪方式，这种方式在一定程度上克服了人工清粪存在的鸡舍内走道污染严重、鸡群容易受惊吓、个人劳动量大等问题。自动清粪方式的优越性已经被规模化蛋鸡场经营者所认可，在近年来新建的规模化蛋鸡场中基本上都采用这种清粪方式。
8、规模化蛋鸡场贮粪场的设计尚存在不合理的地方
粪便从鸡舍内清理出来后常常要运送到专门的贮粪场进行一定时期的存放，贮粪场设计是 否合理直接关系到粪便贮存期间对周围环境的污染情况。从本次调研的结果看，贮粪场距离鸡舍最近距离超过50m的仅占32%左右，大多数的鸡场内贮粪场与鸡舍之间的距离偏小，这对鸡场内的环境存在污染的威胁。
为了防止粪便贮存期间对环境的污染，要求贮粪场的地面要进行硬化处理以防止粪水渗人地下，上面要设置顶棚以防止雨淋而造成粪水四溢。然而，在本次调研的规模化蛋鸡场中对贮粪场地面进行硬化处理并设置有防雨顶棚的仅有12个、占被调研鸡场总数的42.86；既未对贮粪场地面进行硬化处理又没有设置顶棚的鸡场有8个，占28.57%。从这个结果看，有半数以上的规模化蛋鸡场的贮粪场在场地设置方面不符合无害化的要求。这样的贮粪场在粪便堆放过程中由于粪水向地下的渗人，很容易造成周围土壤和地下水的污染，为以后养鸡生产的健康管理带来很多难题。
9、规模化蛋鸡场鸡粪的深加工处理亟待加强规模化蛋鸡场每天产生的鸡粪量大，如存栏5万只产蛋鸡的鸡场每天鲜鸡粪的产量能够达到7.5吨左右，如果不能及时进行无害化处理则会对鸡场环境造成比较严重的污染。如果蛋鸡场对粪便处理不及时、不科学，就会严重影响地下水的质量；而且距粪便堆积场所越近则受影响越大。
如果蛋鸡生产过程中产生的粪便和污水能够及时得到清理和加工，减少在鸡舍附近和贮粪场的存放时间就能够减少粪便和污水中有机质、矿物元素和微生物进入土壤和地下水的量，减少对环境的污染。
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