统温度下降到仅稍高于气温，此时进入腐熟保肥阶段。在这一阶段，堆料继续缓慢腐解，最终成为与土壤腐殖质十分相近的物质。为了保存肥效，将堆肥压紧，造成厌氧状态。
好氧堆肥过程受到多种因素的影响，包括堆肥微生物的选育，垃圾的碳氮比(C/N)、含水率，以及环境pH、温度和溶氧度。含油量和含盐量越高，堆肥的高温阶段维持时间越短，堆肥效果和杀菌效果越差，而各因素对堆肥进程影响顺序为：含水率＞初始环境温度＞粒径＞通风量。
好氧堆肥的发酵过程可控制，操作简单，处理负荷与处理量较大，运行费用低，保氮效果比较突出。但